Das Schützenhaus entstand 1561–1564. Der Haupttrakt ist noch heute unverändert; erst 1915 erfolgte der Anbau des Gartensaals und 1951 der nördliche Trakt für Küche und Wohnung. In den über 400 Jahren erlebte das Haus überaus stürmische Zeiten und musste grosse Gefahren überstehen. Bei Überschwemmungen der unteren Stadt diente das Schützenhaus verschiedentlich als Lagerstätte, während der französischen Revolution vorübergehend auch als Truppenunterkunft.
Eigentümer des Grundstücks ist der Kanton Basel-Stadt. 1949 konnte ein 100-jähriger Baurechtsvertrag abgeschlossen werden. Nach diesem Vertrag muss das Schützenhaus als Wirtshaus erhalten bleiben. Die Gesellschaft der Feuerschützen hat die Kosten für Renovation und Unterhalt zu tragen.
Die Renovationen in neuerer Zeit erfolgten 1961/62 mit der Wiederherstellung des Schützensaales im 1. Stock in seiner ursprünglichen Gestalt und 1986–1991 mit der Erneuerung des Daches, Neugestaltung der Terrasse mit Unterkellerung für Archiv und Ausstellungsraum sowie Fassadenrenovation. Das Schützenhaus steht unter kantonalem und eidgenössischem Denkmalschutz und zählt zu den bedeutendsten Basler Baudenkmälern der Renaissance.